目前全所分业务部门、职能部门和后勤保障部门。业务部门设有鼠疫预防控制科、布病预防控制科、微量元素病预防控制科、碘缺乏病控制实验室、寄生虫病预防控制科、实验动物中心6个科室；职能部门设有综合办公室、财务管理科、业务管理科、后勤管理科；设有物业服务部。

现有职工196人，其中专业技术人员155名，占职工总数的79.08%；行政管理人员2名，占1.02%。专业技术人员职称结构：职称的25名，其中正高7人，占4.5%，副高18人，占11.63%；中级55人，占35.4%；初级职称75名,占47.38%。工勤人员41人。专业人员学历结构：硕士生3名，占全所总人数的1.93%；本科学历53人，占34.19%；大专学历51人，占32.9%；中专以下学历48人，占近31%。年中,由于发展需要,青海省地方病预防控制所始建于1955年1月，初称青海省鼠疫防治站，1959年改称青海省鼠疫防治所，1962年改称青海省地方病防治所，1980年11月改称青海省地方病防治研究所，2000年3月起启用现名。建所初期，是以鼠疫为单一病种的防治科研机构，1982年5月，为便于统一归口管理，将青海省卫生防疫站下设的布病科和碘缺乏病科及青海省高原心脏病研究所下设的包虫病科移交我所,逐步组建了以鼠疫、碘缺乏病、地方性氟中毒、大骨节病、布病、寄生虫病和地方性砷中毒等多病种为对象的省级地方病防治机构。

目前全所分业务部门、职能部门和后勤保障部门。业务部门设有鼠疫预防控制科、布病预防控制科、微量元素病预防控制科、碘缺乏病控制实验室、寄生虫病预防控制科、实验动物中心6个科室；职能部门设有综合办公室、财务管理科、业务管理科、后勤管理科；设有物业服务部。

现有职工196人，其中专业技术人员155名，占职工总数的79.08%；行政管理人员2名，占1.02%。专业技术人员职称结构：职称的25名，其中正高7人，占4.5%，副高18人，占11.63%；中级55人，占35.4%；初级职称75名,占47.38%。工勤人员41人。专业人员学历结构：硕士生3名，占全所总人数的1.93%；本科学历53人，占34.19%；大专学历51人，占32.9%；中专以下学历48人，占近31%。